Cette organisation est simple: elle repose sur l'existence d'une Commission Paritaire et de Commissions Spécialisées. La première a, comme son nom l'indique, une composition strictement paritaire : 8 membres élus et 8 membres nommés (le Directeur général plus 7 membres nommés par le Président du CNES). Elle est présidée par le Directeur général. Un vice-président est désigné par les membres élus.
Les Commissions Spécialisées ont également une composition mixte, mais peuvent comprendre plus de membres élus que de membres nommés. Elles peuvent d'autre part s'adjoindre des membres volontaires et même tenir des séances ouvertes à tout le personnel.
Ce sont ces Commissions Spécialisées qui donnent au système mis sur pied au CNES toute son originalité. Elles jouent un peu, par rapport à la Commission Paritaire, le rôle des commissions parlementaires par rapport à l'Assemblée Nationale: elles préparent son travail en étudiant les questions qui relèvent de leur compétence et en lui faisant rapport. Pour la discussion de ce rapport, 2 membres élus et 2 membres nommés de la CS viennent d'ailleurs participer avec voix délibérative aux travaux de la CP, qui comprend ainsi tantôt 16, tantôt 20 membres.